Cet inconditonnel soutien tranche singulièrement avec l'inimitié qu'entretiennent plusieurs savants français à son égard, au premier rang desquels Edme Jomard. Usant de stratagèmes plus ou moins douteux, ce dernier mettra tout en oeuvre en effet pour que lui soit refusé le poste de conservateur des antiquités égyptiennes du Musée Royal, qui pourtant lui revenait de plein droit. Le 17 mai 1826, le roi Charles X mettra un terme définitif à cette querelle de chapelles : sur ordonnance, il désignera Jean-François conservateur de la division égyptienne et orientale du Musée Royal du Louvre, et le chargera de donner, chaque année à la belle saison, "un cours public et gratuit d'archéologie égyptienne, où l'on exposera les deux systèmes d'écriture dont se servaient les Egyptiens".
Susciter l'admiration et répondre aux interrogations du futur public, créer "une véritable encyclopédie égyptienne", soit une base de connaissances historiques ouverte à tous, telle était précisément l'ambition de Jean-François Champollion. Conception muséologique révolutionnaire pour l'époque, qui, une fois encore, lui attirera les foudres de nombreux historiens - ses plus proches collaborateurs du Musée du Louvre en tête !
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