De retour à Grenoble le 21 octobre 1817, le "proscrit pardonné", accueilli en triomphateur par la frange libérale de l'aristocratie locale, occupera un modeste poste de professeur au collège royal et animera une école d'enseignement mutuel - basé sur le principe d'entraide entre élèves plus ou moins doués d'une même section -, semblable à celle qu'il avait créée à Figeac. Le peu de temps libre qu'il lui restait était bien évidemment consacré à son Grand Oeuvre : le déchiffrement de l'écriture hiéroglyphique. Un déchiffrement qui progressait lentement mais sûrement, ainsi qu'en témoigne l'allocution qu'il fit devant les membres de la Société des Sciences et des Arts de Grenoble, le 24 juillet 1818. Cet exposé avait pour intitulé : Explication d'un fragment de l'inscription de Rosette. C'est que Jean-François était progressivement parvenu en effet à dégager la syntaxe d'une phrase, à isoler un certain nombre de sigles, à leur associer une traduction possible, même.

A mesure que ses recherches progressaient, le climat politique local se détériorait cependant. Accusé (à raison) de militantisme exacerbé, il fut de nouveau déchu de ses fonctions d'enseignant. En cet été 1821 ne lui restait guère d'autre alternative que de rejoindre son frère aîné à Paris - ce bon Jacques-Joseph qui, toujours aussi soucieux de l'avenir de son protégé - et du sien propre -, n'avait cessé, au cours de ces dernières années, de nouer des relations d'amitié avec des personnalités influentes parmi lesquelles le Baron Bon-Joseph Dacier, secrétaire perpétuel de l'Institut, section histoire et littérature ancienne, dont il deviendra rapidement le bras droit.

Jacques-Joseph Champollion et le baron Bon-Joseph Dacier