Première Partie : La Grèce antique, berceau de l'atomisme moderne

1. Introduction
2. L'école de Milet
3. La pluralité des substances primordiales
4. La vision pythagoricienne du monde
5. Naissance de la théorie atomique
6. Evolution de la théorie atomique
7. L'atomisme géométrique de Platon
8. L'antiatomisme aristotélicien
9. L'antiatomisme stoïcien
10. L'atomisme indien
10.1. Les adeptes d'un brahmanisme dérivé
10.2. Les adeptes du bouddhisme
10.3. Les adeptes du jaïnisme

Seconde Partie : Science et Croyances : de l'antagonisme au syncrétisme

1. Atomisme et Christianisme : l'antagonisme médiéval
2. Atomisme et Islam : une fusion bien surprenante
3. Emergence d'un atomisme chrétien sous la Renaissance
4. Galilée : atomiste chrétien ou hérétique ?
5. Giordano Bruno : l'atomiste hérétique
6. L'atomisme interactif de Newton
7. Atomismes physique et chimique
8. Les limites de l'expérimentation
9. Des atomes doués de conscience
10. Les limites du champ d'investigations scientifiques selon Maxwell
11. Descartes : un philosophe résolument antiatomiste
12. L'atomisme métaphysique de Leibniz
13. L'atomisme syncrétique de Boscovitch
14. L'antiatomisme de Berkeley
15. Kant : un atomiste devenu antiatomiste

Troisième Partie : Avènement et développement de l'atomisme scientifique

1. Où la discontinuité chimique apparaît ...
2. Où la discontinuité chimique se confirme ...
3. L'ultime offensive des antiatomistes
4. Où l'atome révèle sa structure interne
5. Où les corpuscules de matière révèlent leur nature ondulatoire ...
6. La philosophie quantique
7. Les réponses aux questions de l'Antiquité