VIIème - VIème siècles avant notre ère : Longtemps après les Indiens, les premiers penseurs hellènes posent en principe l'existence d'une substance primordiale unique à l'origine de tout ètre et de toute chose peuplant le Ciel et la Terre. Leurs successeurs envisagent la pluralité des substances primordiales, dont le mélange ou l'union donne lieu à tout ce qui existe. Les pythagoriciens considèrent quant à eux le nombre comme seul véritable arché.

Vème - IVème siècles avant notre ère : Simultanément aux Indiens, Leucippe de Milet puis Démocrite posent le vide et les atomes, ces constituants ultimes de la matière, en principes fondamentaux. Cette théorie sera ultérieurement reprise et développée par Epicure et Lucrèce.

IVème siècle avant notre ère : Platon formule sa théorie géométrique des atomes. Aristote perçoit la matière comme le fruit de la combinaison des quatre qualités primordiales que sont le chaud et le froid, d'une part, le sec et l'humide, d'autre part.

IIIème avant notre ère : Tout comme Aristote avant eux, les Stoîciens refusent l'existence du vide.

Durant les quinze premiers siècles de notre ère : Seules les théories de Platon et Aristote relatives à la structuration progressive de notre univers de matière ont droit de cité dans le monde chrétien. Dans le monde Arabe en revanche, la théorie atomique est intégrée à l'Islam.

XVIIème siècle de notre ère : La théorie atomique grecque resurgit dans le monde chrétien, sous l'impulsion de quelques théologiens. Galilée en constitue un fervent défenseur. De mème Giordano Bruno, que la toute puissante Eglise condamnera au bûcher. Plus ouverte aux idées progressistes, l'Eglise anglicane permettra à Newton et Boyle de développer leurs visions atomistes de la Nature. Descartes s'en tiendra quant à lui à une vision fermement antiatomiste de la Nature.

XVIIIème siècle de notre ère : Faute d'expérimentation possible, le débat entre savants et philosophes, entre partisans et adversaires de la théorie atomique, perdura. La vision syncrétique de Boscovitch s'imposera progressivement, toutefois.

XIXème siècle de notre ère : La découverte des lois de combinaison chimique permet de définir la notion d'élément et de définitivement rejeter les théories substantialistes. S'ensuit la formulation, en des termes rénovés et quantitatifs, de la théorie corpusculaire de la matière. Une théorie que tous les chimistes de l'époque ne sont toutefois pas disposés à accepter. Certains d'entre eux rejoignent donc le clan des philosophes antiatomistes. L'expérimentation croissant, il apparaît que l'hypothèse atomique fournit bel et bien une explication claire et rationnelle des propriétés chimiques de la matière. Une explication que les équivalentistes et les énergétistes continuent toutefois de rejeter.
1885 : Johann Balmer rend compte de la discontinuité du spectre de raies de l'atome d'hydrogène.
1897 : Joseph-John Thomson découvre l'existence des électrons au sein de chaque atome.
1900 : Max Planck introduit la notion de quantum d'énergie.
1905 : Albert Einstein découvre la double nature ondulatoire et corpusculaire de la lumière.
1911 : Ernest Rutherford envisage la structure concentrée de la charge positive de l'atome, nécessaire à contrebalancer sa charge négative. Puis il établit son modèle planétaire de l'atome, constitué d'électrons, de protons ... et de vide.
1913 : Niels Bohr établit son propre modèle de l'atome d'hydrogène, un modèle hybride, mi-classique, mi-quantique, en introduisant la constante de Planck dans le modèle de Rutherford.
1920 : Niels Bohr établit son principe de construction proposant de déterminer la configuration électronique de chaque atome
1925 : Samuel Goudsmit et George Uhlenbeck introduisent la notion de spin de l'électron.
1926 : Erwin Schrödinger dévoile la fonction d'onde associée à l'électron non relativiste de l'atome d'hydrogène. S'ensuit l'incertitude caractérisant la localisation spatiale de l'électron. Wolfgang Pauli formule quant à lui son principe de remplissage des orbitales électroniques.
1927 : Werner Heisenberg formule son principe d'incertitude. Le déterminisme scientifique laisse définitivement place à l'indéterminisme, les lois de causalité aux lois de probabilité. La double nature ondulatoire et corpusculaire de l'électron est par ailleurs scientifiquement démontrée.
1932 : James Chadwick découvre l'existence du neutron à l'intérieur du noyau de l'atome.
Dans les années 30 : Robert Mulliken et Friedrich Hund introduisent la notion d'orbitale moléculaire.
1991 : La double nature ondulatoire et corpusculaire de l'atome est scientifiquement démontrée.
Fin du XXème siècle : Grâce aux nanotechnologies, l'observation et la manipulation d'atomes devient possible !