Pourtant, sa vision corpusculaire de la nature était proche de celle de Gassendi. Ainsi ses multiples observations du ciel, pour la première fois réalisées à l'aide de lunettes astronomiques, l'avaient-elles conduit à assimiler physiques céleste et terrestre. Le mème mouvement de rotation autour de l'astre central, le Soleil, animant la Terre et les autres planètes du Système Solaire, toute tentative aristotélicienne de distinction entre physique lunaire et sublunaire apparaissait désormais caduque en effet. Et comme s'il n'y suffisait pas, il apparut que la Lune présentait la mème surface accidentée que la Terre, que la planète Jupiter possédait elle aussi des satellites, ... Le temps de la toute puissante physique aristotélicienne était bel et bien révolu. En ce tout début de XVIIème siècle, l'universalité des lois de la nature ne faisait guère plus de doute.
Galilée ne se contenta toutefois pas d'ébranler un à un chacun des fondements de la théorie aristotélicienne. Il opta ouvertement également pour l'atomisme de Démocrite et Epicure, affirmant que saveur, odeur, chaleur, couleur, ... ne sont pas des propriétés intrinsèques (qualités ou accidents) des corpuscules de matière ou de quelque substance que ce soit, mais bel et bien le résultat des associations et des mouvements d'atomes, que seuls nos sens sont capables de percevoir. En conséquence, privés de nos sens, ces qualités deviennent imperceptibles... et inexistantes. En remettant en cause l'existence de ces qualités, Galilée s'attira, une fois encore, les foudres de l'Eglise, selon laquelle le mystère de l'eucharistie - le changement du pain et du vin en Corps et Sang du Christ - réside précisément dans la disparition des substances considérées et le maintien des qualités qui leur sont associées - ce que l'Eglise nomme transsubstantiation.
Il est d'ailleurs amusant de constater, à l'aube de ce troisième millénaire, alors que l'existence des atomes ne fait plus aucun doute, que l'Eglise maintient son interprétation aristotélicienne de l'eucharistie. Pour combien de temps encore ? Nul ne le sait ...
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